به منظور تضمین ارائه خدمات و حمایت ها به شرکت های خلاق و دانش بنیان، از اواخر سال ۱۳۹۱ تصمیم بر آن شد که نهادی برای پاسخگویی این دسته از نیازهای شرکت های مذکور تأسیس شود. این نهاد که با عنوان صندوق نوآوری و شکوفایی شناخته می شود، تصمیم گیرنده شرایط، چگونگی و میزان دریافت حمایت شرکت های دریافت کننده تاییدیه های دانش بنیان یا خلاق از معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری است.
مشابه شرکت های دانش بنیان، اینجا هم تأمین کننده اصلی مالی برای حمایت ها، صندوق نوآوری و شکوفایی است. این صندوق به منظور تجاری سازی نوآوری ها و اختراعات، کاربردی نمودن دانش و دستاوردهای پژوهشی و تکمیل زنجیره ایده/ محصول/ بازار از شرکت های دانش بنیان پشتیبانی و حمایت کرده و خدمات مالی و اعتباری از جمله کمک، تسهیلات و مشارکت برای آنها تامین می نماید. به طور کلی هدف نهایی صندوق نوآوری و شکوفایی به عنوان یک نهاد توسعه ای کمک به رونق اقتصادی کشور از طریق حوزه های دانش بنیان و خلاق با فناوری های برتر می باشد.